ในโอกาสวันพระบรมราชสมภพครบ ๒๐๐ ปี ของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อวันที่ ๑๘ ตุลาคม ๒๕๔๗ องค์การการศึกษาวิทยาศาสตร์และวัฒนธรรม (UNESCO) ได้เทิดทูนในฐานะเป็นบุคคลสำคัญของโลก สมาชิกราชสกุลสายรัชกาลที่ ๔ มีดำริเห็นสมควรจัดตั้งมูลนิธิเพื่อเฉลิมพระเกียรติ ทั้งนี้พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุยเดช ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อม พระราชทานพระบรมราชานุญาต ให้เชิญ พระปรมาภิไธยเป็นชื่อ “มูลนิธิเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จ พระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว” เมื่อวันที่ ๒๔ พฤษภาคม ๒๕๕๑ เพื่อจะได้ดำเนินการเผยแพร่พระราชประวัติ พระราชกรณียกิจ และพระราชจริยาวัตรให้มหาชนประจักษ์ในพระปรีชาสามารถ ซึ่งสมเด็จพระวันรัต ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดบวรนิเวศวิหาร ได้ก่อตั้งมูลนิธิสมเด็จพระสังฆราช ในพระบรมราชูปถัมภ์ โดยมีสำนักงานมูลนิธิฯ ตั้งอยู่ ณ ศาลาฤาษี ภายในวัดบวรนิเวศวิหาร เลขที่ ๒๔๘ ถนนพระสุเมรุ แขวงบวรนิเวศ เขตบางลำภู กรุงเทพมหานคร พร้อมกับอนุญาตให้มูลนิธิเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ใช้ศาลาฤาษีเป็น ที่ตั้งสำนักงานใหญ่ของมูลนิธิเฉลิมพระเกียรติเมื่อวันที่ ๒๗ พฤษภาคม ๒๕๕๒ และได้รับความเมตตาจากวัดมกุฏกษัตริยาราม ให้ใช้พื้นที่อาคารศุภมิตรเดิม เลขที่ ๓๓๓ ถนนกรุงเกษม แขวงบางขุนพรหม เขตพระนคร กรุงเทพมหานคร เป็นที่ตั้งสำนักงานสาขา อีก ๑ แห่ง เมื่อวันที่ ๒๙ มิถุนายน ๒๕๕๔ และเข้ามาดำเนินการเมื่อวันที่ ๑ ตุลาคม ๒๕๕๔ จวบจนปัจจุบัน
๑. เผยแพร่พระราชกรณียกิจและพระเกียรติคุณ แห่งพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว
๒. ดำเนินการวิจัยเกี่ยวกับพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว และเผยแพร่ผลงานให้ปรากฏ
๓. ส่งเสริมการวิจัยเกี่ยวกับพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เฉพาะอย่างยิ่งในสถาบันการศึกษา
๔. ส่งเสริมกิจการต่างๆ ที่พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ทรงริเริ่มไว้
๕. จัดงานเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว และบำเพ็ญกุศลอุทิศน้อมเกล้าฯ
ถวายตามโอกาส
๖. ดำเนินการ หรือร่วมมือกับองค์การการกุศลอื่นๆ เพื่อสาธารณประโยชน์
๗. ไม่ดำเนินการเกี่ยวข้องกับการเมืองแต่ประการใด